Новое исследование показывает, что целое упорядочивание генома может быстро и точно дифференцироваться среди штаммов устойчивого к метицилину золотистого стафилококка(MRSA) в способе, которым не могут текущие методы лаборатории. Ускорение благоприятного поворота такой важной информации может помочь управлять стационарными вспышками супервируса, сказалисследователи.Исследователи упорядочили геномы образцов MRSA от реальной стационарной вспышки и нашли, что они могли точно отличить штаммы, которые были частьювспышка от штаммов, которые не были, быстрее, чем обычные клинические методы тестирования.
Они предлагают, имел сделанный, это, возможно, помогло инфекционному контролюи лечение пациентов и сокращенный продолжительность вспышки, произошедшей в новорожденной палате интенсивной терапии.Ученые из Института Wellcome Trust Sanger, Кембриджского университета в Великобритании, и Illumina, международной компании, что секвенсеры ДНК рынков, пишутоб их результатах исследования в онлайновой проблеме 14 июня The New England Journal of Medicine, NEJM.
Ведущими авторами является доктор Шарон Пикок, преподаватель в Медицинских факультетах и Патологии в Кембриджском университете, докторе Джеффри Смите старшемДиректор по исследованиям в Illumina и доктор Джулиан Пархилл, от института Wellcome Trust Sanger.
Пархилл сказал прессу:«Различение [MRSA] штаммы важно для управления инфекционным контролем».«Быстрое действие важно, чтобы управлять подозреваемой вспышкой, но оно имеет равное значение, чтобы идентифицировать несвязанные штаммы, чтобы предотвратить ненужные закрытия палаты идругие подрывные меры контроля. Потребность здравоохранения лучше, более эффективные способы идентифицировать вспышку и затем обрабатывает данные», объяснил он.
Пикок сказал, что «важное ограничение текущей методологии инфекционного контроля – то, что доступные бактериальные методы типирования не могут различать различныйштаммы MRSA."Она сказала, что команда хотела узнать, могло ли бы целое упорядочивание генома MRSA сказать различные штаммы обособленно на уровне генома, и если эта информация моглабудьте услужливы в руководстве расследования вспышки.
Команда решила изучить недавнюю вспышку, уже законченную, и работа над темпом, который будет походить на работу в «реальное время» во времявспышка, произошедшая в неонатальном отделении больницы.«При помощи быстрой технологии упорядочивания высокой пропускной способности с клинически соответствующим сроком выполнения работы мы ретроспективно упорядочили ДНК от семь, выделяетсвязанный со вспышкой и еще семью MRSA выделяет связанный с носительством MRSA или бактериемии в той же больнице», пишут они.
Путем сравнения последовательностей ДНК (полиморфизмы единственного нуклеотида, SNPs) в основном геноме к справочному геному, они произвели эволюционное дерево этопоказанный «различная группа вспышки выделяет и ясное разделение между ними, и невспышка выделяет».Команда также собрала «resistome», по существу список всех генов MRSA та устойчивость к антибиотикам причины.
Такой инструмент должен помочь здоровьюпрофессионалы быстро идентифицируют устойчивость к лекарству в штаммах MRSA, таким образом, отдельные пациенты могут пройти наиболее соответствующее лечение. Это может также помочь обнаружить новыймеханизмы устойчивости к лекарству.Они также создали «toxome» генов токсина, которые могут быстро идентифицировать присутствующих в штаммах MRSA. В настоящее время они могут только быть найдены с кратным числомпробы в справочных лабораториях.
MRSA производит уникальные токсины, которые могут вызвать тяжелые болезни как септический шок, пневмония, и осложненная кожа и мягкая тканьинфекции.В их заключении пишет команда:«Упорядочивание целого генома может обеспечить клинически соответствующие данные в течение периода времени, который может влиять на контроль за пациентом. Потребность в автоматизированной интерпретации данныхи положение клинически значащих отчетов представляет препятствия клиническому внедрению."
Смит сказал, что исследование показывает, «как успехи в целом упорядочивании генома могут предоставить существенную информацию, чтобы помочь бороться со стационарными вспышками в клиническисоответствующие оборотные времена."Упорядочивающие методы продвинулись так быстро и стали настолько точными и всесторонними, они могут ответить на ряд вопросов, которые важны дляконтроль внутрибольничных инфекций.
«Не только мог мы отличать различные штаммы MRSA в больнице, мы также смогли быстро характеризовать устойчивость к антибиотикам и гены токсина, существующие вклиническое выделяет», сказал Смит.Пархилл добавил:«Текущие клинические методы, чтобы заставить связи между связанными штаммами сравнить структуру бактериальной восприимчивости к профилю антибиотиков.
Мы нашли этот метод кбудьте неточны. Мы идентифицировали два штамма MRSA, которые, казалось, были идентичными использующими текущими методами, генетически очень отличались."Исследователи предлагают, чтобы целое упорядочивание генома однажды было обычной особенностью здравоохранения, и это исследование показывает, как использование его в режиме реального времени могло сделать aзначительная разница для контроля MRSA и других вспышек в стационарных параметрах настройки.
Пикок сказал, что следующий шаг должен сделать интерактивные инструменты, позволяющие медицинским работникам интерпретировать последовательности генома автоматически. Только тогда может метод бытьвыкаченный для использования в клиниках.Инфекция MRSA является главной проблемой здравоохранения. Даже когда это успешно лечится, это может удвоиться, средние пациенты времени остаются в увеличивающейся больнице,затраты на здравоохранение.
В США оценки на 2008 предполагают, что в том году было более чем 89 500 инвазивных инфекций MRSA, и более чем 15 200 смертельных случаев были связаны ссупервирус.