Несмотря на рост числа исследований с использованием полигенных оценок риска, исследователи наблюдали несоответствия в том, как такие оценки рассчитываются и сообщаются. Эти различия угрожают поставить под угрозу принятие полигенных оценок риска в клинической помощи.
Чтобы решить эту проблему, исследовательские группы, финансируемые главным образом Национальным институтом исследования генома человека (NHGRI), опубликовали в журнале Nature структуру из 22 пунктов, в которой указывается информация, связанная с минимальным полигенным риском, которую ученые должны включать в свои исследования. Эта структура, созданная Рабочей группой по комплексным заболеваниям Clinical Genome Resource (ClinGen) NHGRI и Каталогом полигенных оценок (PGS), открытой базой данных оценок полигенного риска, поможет повысить достоверность, прозрачность и воспроизводимость оценок полигенного риска.
NHGRI является частью Национальных институтов здоровья.
Чтобы рассчитать оценку полигенного риска человека, исследователи изучают варианты ДНК в более чем 6 миллиардах участков генома человека.
«Настоящая проблема заключается в том, что исследовательское сообщество не приняло никаких универсальных передовых методов для представления оценок полигенного риска», – сказала Эрин Рамос, доктор философии.D., программный директор ClinGen, заместитель директора отдела геномной медицины NHGRI и соавтор статьи. "Поскольку эта область растет так быстро, как она есть, нам нужны стандарты, чтобы мы могли значимо оценить эти баллы и определить, какие из них готовы к использованию в клинической помощи."
Эта структура основана на другой модели передового опыта, называемой Заявлением о прогнозировании генетических рисков (GRIPS), опубликованном международной рабочей группой в 2011 году.
GRIPS сделал упор на модели, которые включали меньший набор геномных вариантов и оценок генов. Однако с тех пор модели прогнозирования генетического риска быстро развивались и основаны на гораздо большем наборе геномных вариантов и более сложных методологиях.
Кроме того, исследователи не полностью приняли структуру GRIPS.
«Новый акцент на стандартах отчетности со стороны ClinGen и Каталога полигенных оценок приходится на решающий момент для оценки полигенных рисков», – сказала Женевьев Войчик, доктор философии.D., M.ЧАС.S., доцент кафедры эпидемиологии Школы общественного здравоохранения Блумберга Джонса Хопкинса, Балтимор, и автор-корреспондент статьи. "Он определяет минимум информации, который должен быть описан в исследовательском документе для интерпретации оценки полигенного риска, воспроизведения результатов и, в конечном итоге, перевода информации в клиническую помощь."
Некоторые из элементов новой структуры отчетности включают подробное описание исследуемой совокупности и основы для выбора этой совокупности.
«Если мы хотим сделать эти оценки доступными для людей во всем мире, исследования должны максимально четко определить, кого они изучают и почему», – сказала Катрина Годдард, доктор философии.D., директор по трансляционной и прикладной геномике в Центре медицинских исследований Kaiser Permanente, Портленд, Орегон, который также является соавтором статьи. "Без такой прозрачности и воспроизводимости усилия по использованию полигенных оценок риска могут быть подорваны."
Новая структура предполагает, что ученые должны объяснить статистические методы, которые они использовали для разработки и проверки оценок полигенного риска. Без последовательного способа представления оценок полигенного риска практически невозможно сравнить полезность оценок для оценки риска заболевания у людей.
Согласно новым рекомендациям, исследователи также должны учитывать потенциальные ограничения этих оценок и то, как клиницисты должны использовать эти оценки при оказании помощи пациентам.
«Если исследователи смогут следовать этим рекомендациям, будет проще оценить опубликованные оценки полигенного риска и решить, какие из них подходят для клинических условий», – сказал Майкл Иноуе, доктор философии.D., директор Cambridge Baker Systems Genomics Initiative, U.K., и соавтор статьи. «В отношении таких заболеваний, как рак груди и многих других, мы сможем с ответственностью относить пациентов к различным категориям риска и предлагать эффективные стратегии скрининга и методы лечения. В идеале в будущем мы будем выявлять риски на достаточно ранней стадии, чтобы эффективно бороться с болезнью."