Геном Западной гориллы низменности (Горилла гориллы ssp. горилла) был упорядочен на самом высоком уровне качества, начинающего приблизиться к тому из генома человека, заявляет команда ученых во главе с доктором наук Эваном Эйчлером из Вашингтонского университета.Западная горилла низменности (Горилла гориллы ssp. горилла). Кредит изображения: Джек Хайнс / CC – SA 3.0.
Первый Западный геном гориллы низменности был упорядочен в 2012.Но уникальный геном был высоко фрагментирован, содержа 433 861 промежуток с недостающей последовательностью, и был выстроен, применяя геном человека в качестве руководящей ссылки.“Эти промежутки не случайны, но сгруппированы на местах повторений”, сообщил доктор наук Эйчлер.“В случае если генетики не смогут захватить эти повторения и выяснить структурные различия в геномах, у них имеется неприятности при сравнении организации и понимании генов наследственной изменчивости в и через разновидности”.
Новое собрание, которое было выполнено de novo (т.е. без любой информации о ссылке), воображает превосходное уменьшение во фрагментации собрания.Доктор наук Эйчлер и его сотрудники применяли продолжительно прочтённую упорядочивающую разработку, наровне с неповторимой комбинацией методов, дабы вернуть намного более надежный геном, применяя ДНК, изолированную от Западной гориллы низменности по имени Сузи в Зоопарке Линкольн-Парка в Чикаго.По сравнению со ветхим геномом у этого нового собрания имеется 96%-е сокращение контигов, маленькие последовательности, каковые смогут испытать недочёт в информации их расположения в геноме.
Кроме этого, ученые закрыли 94% 433 861 промежутка последовательности, каковые были в ветхом геноме.Они применяли данные от шести дополнительных Западных геномов гориллы низменности, дабы создать пан-справочный геном для применения научным сообществом.
“Отечественные результаты демонстрируют полезность продолжительно прочтённой технологии последовательности, дабы произвести отличные рабочие геномы проекта сложных позвоночных геномов без управления от существующих ранее справочных геномов”, сообщили доктор наук Эйчлер и соавторы.“Собрание генома, которое направляться из применения продолжительно прочтённых данных, предоставляет более полную картину довольного гена, повторная биология и структурное изменение, и разрешает нам совершенствовать население генетические и эволюционные выводы”.Сравнение Западной собраний и гориллы низменности генома человека продемонстрировало в общем итоге 117 512 вставок и вариантов и 697 удаления инверсии. Больше чем 86% этих событий были ранее неопознанными.
Эти результаты снабжают лучшее познание наследственной изменчивости между отечественными разновидностями и отечественными нечеловеческими кузенами, вместе с тем и демонстрируют методы упорядочить другие геномы млекопитающих с лучшей точностью.Результаты были изданы в выпуске 1 апреля 2016 издания Science.