10 мая в журнале Current Biology исследователи описывают недавно идентифицированный коронавирус летучих мышей, который является ближайшим родственником SARS-CoV-2 в некоторых областях генома и который содержит вставки аминокислот на стыке субъединиц S1 и S2 вируса. спайк белка аналогично SAR-CoV-2. Хотя это не прямой эволюционный предшественник SARS-CoV-2, этот новый вирус, RmYN02, предполагает, что такие, казалось бы, необычные события внедрения могут происходить естественным образом в эволюции коронавируса, говорят исследователи.
«С момента открытия SARS-CoV-2 появился ряд необоснованных предположений о том, что вирус имеет лабораторное происхождение», – говорит старший автор Вейфэн Ши, директор и профессор Института биологии патогенов Первого медицинского университета Шаньдун в Китае. "В частности, было высказано предположение, что введение S1 / S2 является весьма необычным и, возможно, свидетельствует о лабораторных манипуляциях. В нашей статье очень ясно показано, что эти события происходят естественным образом в дикой природе. Это убедительно доказывает, что SARS-CoV-2 не является лабораторным побегом."
Исследователи идентифицировали RmYN02 в результате анализа 227 образцов летучих мышей, собранных в провинции Юньнань, Китай, в период с мая по октябрь 2019 года. «С тех пор, как в 2005 году было обнаружено, что летучие мыши были резервуаром коронавируса SARS, был большой интерес к летучим мышам как к резервуарам инфекционных заболеваний, особенно потому, что они несут очень большое разнообразие РНК-вирусов, включая коронавирусы», – говорит Ши.
РНК из образцов была отправлена на метагеномное секвенирование следующего поколения в начале января 2020 года, вскоре после открытия SARS-CoV-2.
Во всем геноме ближайшим родственником SARS-CoV-2 является другой вирус, получивший название RaTG13, который ранее был идентифицирован у летучих мышей в провинции Юньнань. Но RmYN02, вирус, недавно обнаруженный здесь, еще более тесно связан с SARS-CoV-2 в некоторых частях генома, в том числе в самом длинном кодирующем участке генома, называемом 1ab, где они имеют общее 97.2% их РНК.
Исследователи отмечают, что RmYN02 не очень похож на SAR-CoV-2 в области генома, кодирующей ключевой рецептор-связывающий домен, который связывается с человеческим рецептором ACE2, который SARS-CoV-2 использует для заражения клеток-хозяев. Это означает, что он вряд ли заразит человеческие клетки.
Ключевое сходство между SARS-CoV-2 и RmYN02 заключается в том, что RmYN02 также содержит вставки аминокислот в точке, где встречаются две субъединицы его белка-шипа. SARS-CoV-2 характеризуется вставкой из четырех аминокислот на стыке S1 и S2; эта вставка уникальна для вируса и до сих пор присутствовала во всех секвенированных SARS-CoV-2.
Вставки в RmYN02 не такие же, как в SARS-CoV-2, что указывает на то, что они произошли через независимые события вставки. Но подобное событие вставки, происходящее в вирусе, идентифицированном у летучих мышей, убедительно свидетельствует о том, что такие вставки имеют естественное происхождение. «Наши результаты показывают, что эти события вставки, которые изначально казались очень необычными, на самом деле могут происходить в естественных условиях у бета-коронавирусов животных», – говорит Ши.
«Наша работа проливает больше света на эволюционное происхождение SARS-CoV-2», – добавляет он. «Ни RaTG13, ни RmYN02 не являются прямыми предками SARS-CoV-2, потому что между этими вирусами все еще существует эволюционный разрыв. Но наше исследование убедительно показывает, что выборка большего количества видов диких животных позволит выявить вирусы, которые еще более тесно связаны с SARS-CoV-2 и, возможно, даже с его прямыми предками, что многое расскажет нам о том, как этот вирус появился у людей."
Эта работа была поддержана Программой академического развития Первого медицинского университета Шаньдун, Программой стратегических приоритетных исследований Китайской академии наук, Китайским национальным фондом естественных наук, Национальным крупным проектом по контролю и профилактике инфекционных заболеваний в Китае, Высшим – Завершить программу иностранных экспертов провинции Юньнань, программу стипендиатов Тайшань провинции Шаньдун, программу выдающихся молодых ученых NSFC, Ассоциацию содействия молодежным инновациям CAS и стипендию австралийских лауреатов ARC.